A expressão, característica do período pombalino, remete à Companhia de Jesus, ordem religiosa fundada por Inácio de Loyola, em 1540, marcada por uma severa disciplina, profunda devoção religiosa e intensa lealdade à Igreja. O grande poder acumulado pelos jesuítas ao longo dos anos, sobretudo na América portuguesa, foi contestado durante a administração pombalina (1750-1777), que resultou em um conflito de interesses com a Coroa. Pombal buscou, ao longo de seu ministério, submeter efetivamente a Igreja aos interesses do Estado, além de reformar e modernizar aspectos da administração pública lusitana, a fim de otimizar os lucros da Coroa. Nesse contexto de reformas, os inacianos foram eleitos como representantes da tradição a ser combatida, retrógrados e fanáticos que impediam qualquer progresso e renovação pautados pelos ideais ilustrados, dos quais Pombal e seus aliados se consideravam representantes. A reforma do sistema de ensino português foi emblemática nesse sentido, pois pretendia a substituição do método escolástico dos jesuítas – que predominava até então nas instituições de ensino – por uma lógica pautada no pensamento racional e na experimentação. A reforma da Universidade de Coimbra foi o grande representante da secularização educacional pretendida. Esse conflito entre Igreja e Estado levou à expulsão da Companhia de Portugal e seus domínios em 1759.