Conhecido como o primeiro botânico do reino de Portugal, estudou na Faculdade de Cânones da Universidade de Coimbra, mas não completou o curso devido à reforma da universidade de 1772, que alterou o programa. Trabalhou como tradutor e, em virtude de sua alta devoção às ciências e às ideias ilustradas, tornou-se suspeito aos olhos do Santo Ofício, obrigando-o a se retirar para a França. Lá frequentou os cursos de história natural e botânica, formou-se médico pela Escola de Medicina de Reims, embora não tivesse exercido a profissão, e adotou o sobrenome filantrópico Brotero. Em 1790, ao retornar a Portugal, já um renomado naturalista, foi logo no ano seguinte indicado para lente da nova cadeira de botânica e agricultura e diretor do Jardim Botânico da Universidade de Coimbra, substituindo Domingos Vandelli, que passou a administrar o Real Museu e Jardim Botânico d’Ajuda. Sob a direção de Brotero, o jardim ganhou novas estufas, novas espécies, sofreu grandes obras de estrutura (como abertura de ruas, construção dos muros) e melhoramentos. Ficou a frente até 1811, quando foi jubilado da universidade para tornar-se diretor do Jardim d’Ajuda, com a missão de melhorá-lo depois de um período de decadência, já no final da administração de Vandelli, o que logrou conseguir. Foi autor de várias obras sobre Botânica e Agricultura, como o Compêndio de Botânica ou noções elementares desta ciência, segundo os melhores escritores modernos, expostos na língua portuguesa. (1788); a Flora Lusitanica. (1804) e Princípios de Agricultura Filosófica (1793).