Em 20 de março 1619, Luis de Figueiredo e sua mulher d. Antonia Carneiro fundaram a Ordem Terceira de São Francisco da Penitência do Rio de Janeiro. Como era habitual na época, a Ordem convivia nos espaços da Igreja de Santo Antônio, onde fundou um pequeno santuário em homenagem à Nossa Senhora da Conceição. Em meados do século XVII, os terceiros começaram a construir a Igreja de São Francisco da Penitência no terreno do Convento de Santo Antônio. A presença dos irmãos terceiros movimentou a vida social e religiosa no morro de Santo Antônio com suas festas e procissões. As divergências entre os religiosos do convento e os irmãos da Ordem Terceira de São Francisco manifestaram-se com maior ou menor força ao longo do século XVIII, com crescentes reivindicações dos terceiros por maior autonomia, questionando o direito dos religiosos legislarem sobre as questões referentes às regras e estatutos da fraternidade. O primeiro conflito de grandes proporções envolvendo os irmãos da ordem terceira e os religiosos do Convento de Santo Antônio ocorreu em 1701, durante a visita canônica do padre provincial frei Miguel de São Francisco. De acordo com o padre, os terceiros franciscanos eram insubordinados ao ministro, não prestavam assistência às reuniões, entre outras coisas. Visando resolver tais problemas, o prelado provincial formulou uma série de pontos sobre a observância às regras e aos estatutos. O décimo quinto abordava a delicada questão, a qual se opunham os terceiros, da prerrogativa que tinham os prelados provinciais de correção e castigo do ministro e mesa da ordem terceira. O embate entre os diversos ordenamentos jurídicos, como os estatutos locais e os gerais, e a disputa entre autoridades, como os ministros e os prelados, eram motivos de discórdia entre os terceiros e os religiosos. Durante o ministério de Francisco Seixas Fonseca, entre 1715 e 1719, agravaram-se as contendas (bulhas), que culminaram na cisão da Ordem em 1720. O partido liderado por Francisco Seixas Fonseca passa a ocupar um hospício erigido no centro da cidade do Rio de Janeiro. Entretanto, reivindica no Tribunal da Relação direito à capela anexa ao convento de Santo Antônio da qual haviam sido expulsos. O ouvidor decide favoravelmente aos terceiros expulsos do convento. Entretanto, a resistência dos frades impediu a retomada do prédio. Em 1725, os terceiros insubmissos são impedidos de praticarem suas cerimônias no hospício e obrigados à obediência ao provincial e ao comissário visitador do convento. O líder da mesa dissidente é preso e desterrado em Pernambuco e a unidade da associação restabelecida.