A inexistência de um hospital próprio para os militares na América portuguesa, levou ao rei de Portugal Pedro II a decretar, através de carta régia de 21 de março de 1702, a criação de um hospital militar no Rio de Janeiro. Mas o funcionamento do Hospital Real Militar e Ultramar só se iniciou na segunda metade do século XVIII, no antigo Colégio dos Jesuítas, no morro do Castelo. Até a sua criação, a responsabilidade dos cuidados com os enfermos militares ficava a cargo, sobretudo, dos hospitais da misericórdia, que recebiam para isso um pagamento da Fazenda Real. No entanto, ao longo dos anos, as santas casas, como eram conhecidos os hospitais da misericórdia estabelecidas nas principais vilas coloniais, tornaram-se insuficientes e passaram a exigir um aumento do subsídio anual pago pelo Estado. Assim, logo após a expulsão dos jesuítas em 1759, foram transferidas, para o então desocupado Colégio dos Jesuítas, enfermarias militares, com o objetivo de centralizar o atendimento a esses pacientes em um único edifício, cuja direção foi entregue ao cirurgião-mor Teotonio dos Santos de Almeida. Com a transferência da corte em 1808, o hospital passou a ser chamado de Hospital Militar da Corte do Rio de Janeiro, e sofreu por diversas mudanças na sua organização, entre as quais pode-se citar a nomeação de um boticário e ajudantes para o preparo de remédios na própria instituição. Anexa ao hospital, foi criada a Botica Real Militar, onde os remédios seriam manipulados. Em 1820, o decreto de regulamentação dos hospitais regimentais levou a descentralização do atendimento exclusivo aos soldados.
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