A história da fundação da cidade inicia-se em 1531, quando o cavaleiro português Bráz Cubas chega à colônia portuguesa na América, integrando a expedição de Martim Afonso de Souza, que fundaria a primeira vila do Brasil: São Vicente. Posteriormente, foi donatário da capitania de mesmo nome, criada em 1534. Em 1536 recebe sesmarias nesta capitania e lá desenvolve o cultivo e processamento de cana-de-açúcar. A existência de outros sesmeiros na região contribuiu para o desenvolvimento de um povoado, a instalação de um ancoradouro, a construção de uma capela em homenagem a Santa Catarina. Este povoado encontrava-se na parte setentrional da ilha de São Vicente, localizada na confluência de vários rios e era chamado de Enguaguaçu (enseada maior ou baía grande em tupi). Por empenho de Bráz Cubas e, em parte, por consequência do esvaziamento de outras vilas e povoados da região, incluindo São Vicente, o povoado cresce em população e recebe, em 1543, a transferência do porto, anteriormente localizado na vila de mesmo nome, na parte mais meridional da ilha. Três anos depois, o povoado é elevado a vila, com o nome de Todos os Santos. Em 1550, surge a Alfândega de Santos e, dois anos depois, instala-se o arsenal de defesa. Tais medidas não impediu que a prosperidade do porto atraísse a cobiça e o ataque de piratas, em especial a partir de 1580. Toda a capitania de São Vicente atravessava o século XVII em estagnação, e com Santos não foi diferente. Assim como outras vilas e povoados, a região tornou-se polo iniciador de expedições e bandeiras que partiam para o interior em busca de escravos indígenas [escravidão indígena] e outras riquezas. Sua recuperação, a partir do final do século XVIII, se deu com a ascensão do cultivo de café, já no século XIX.