Logo que chegou à América, d. João criou duas autoridades sanitárias encarregadas dos serviços de saúde pública na administração do reino: o cirurgião-mor do Exército e o físico-mor do Reino que, juntos (e com os seus delegados, juízes, escrivães, meirinhos, entre outros oficiais) formavam a Inspetoria Geral de Saúde Pública. O cirurgião-mor era responsável por todas as atividades relativas ao ensino e exercício da cirurgia pelos sangradores, barbeiros, parteiras, dentistas, hospitais e médicos do exército. Ao físico-mor cabiam as atividades concernentes ao ensino e exercício da medicina, questões relativas a médicos e pacientes, ao exercício da farmácia, aos droguistas, boticários e curandeiros, às epidemias e ao saneamento das cidades. Esses profissionais eram encarregados de estabelecer uma política de saúde pública através, principalmente, da atuação da Intendência de Polícia no que tange às questões de saneamento e ordem pública; melhoria da salubridade do ar e da cidade; questões de vigilância sanitária dos estabelecimentos que comercializavam remédios e alimentos e no controle das práticas médicas. Agiam, também, no controle das epidemias, quer pela difusão das práticas de higiene, quer pela introdução da vacinação, principalmente para controlar doenças graves, como, por exemplo, a varíola [bexiga] e a febre amarela, que assolavam a população.