Também chamado Colégio de São Joaquim, foi fundado em 1739 por frei Antônio de Guadalupe como uma instituição onde fossem “recebidos e criados meninos órfãos de pais pobres e desamparados de criação, devendo ser ali instruídos na doutrina cristã, nas primeiras letras, na língua latina, música e instrumentos, bem como nas funções eclesiásticas, de que pudessem ser capazes” (RIBEIRO, José Silvestre. História dos estabelecimentos científicos literários e artísticos de Portugal nos sucessivos reinados da monarquia. Lisboa: Typ. da Academia Real das Ciências, 1874.). Até 1758, chamou-se Colégio dos Órfãos de São Pedro, quando foram doadas ao colégio a capela de S. Joaquim e suas dependências, onde se erigiram uma nova escola e o seminário, que passou a se chamar Seminário de São Joaquim em 1766, quando do fim das obras. Até 1818, funcionou como local de sustento e educação de meninos pobres que ali estudavam gramática, canto gregoriano e música, quando foi fechado para que suas instalações servissem de quartel de tropas portuguesas. Os alunos foram encaminhados ao Seminário de São José. Em 1821, por insistência da população, foi reaberto no mesmo regime anterior. Mais tarde, em 1837, passou a se chamar Real Colégio de Pedro II.