Instituída por decreto de 30 de setembro de 1755, com sede em Lisboa, era composta por um provedor, um secretário, um procurador e seis deputados. A Real Junta do Comércio tinha amplas atribuições: fiscalização do comércio, organização das frotas, intervenção nas falências, lotação dos navios, estabelecimento do preço dos fretes, fiscalização de certos artigos nas alfândegas, direção das cargas e descargas de navios, também interferindo na indústria, na repressão ao contrabando, na concessão de licenças para estabelecimentos comerciais em Lisboa e no Porto, nos seguros e noutras atividades. Além disso, também mantinha aulas de comércio. Em 1788 foi elevada à categoria de Tribunal Régio, com o título de Real Junta do Comércio, Agricultura, Fábricas e Navegação. Em 1808, foi reinstituída no Rio de Janeiro, vinculada ao Erário Régio, com um presidente e dez deputados, ficando a ela subordinadas as Mesas de Inspeção. O órgão foi extinto em Portugal no ano de 1834.