Considerado o primeiro jardim botânico de Portugal, o Jardim Botânico da Ajuda foi fundado em 1768, parte da política pombalina de fomento às instituições de caráter científico no reino. Construído em uma quinta comprada por d. José I ao conde da Ponte, junto ao Paço d’Ajuda, e sob direção do naturalista, botânico e químico italiano Domingos Vandelli (que foi seu primeiro diretor entre 1791 e 1811), o Real Museu e Jardim Botânico d’Ajuda tinha, como fim primeiro, auxiliar na educação dos jovens príncipes, bem como servir para seu divertimento. Era composto de três anexos: o Museu de História Natural, que recolheu espécies dos chamados “três reinos da natureza” frutos de expedições científicas e filosóficas [viagens e expedições filosóficas], tais como a de Alexandre Rodrigues Ferreira, ao Brasil e depois em outras colônias portuguesas, como Angola, Goa, Moçambique, Cabo Verde; o Laboratório de Química (que mais tarde passou a ser de Física também); e a Casa do Risco, para o ensino de desenho e artes. Recebeu plantas e sementes de praticamente todos os continentes (aproximadamente cinco mil exemplares no início), mas no final da gestão de Vandelli, o jardim havia decaído consideravelmente (a coleção baixou para cerca de mil e duzentas espécies vegetais), pois privilegiou-se as obras de melhoramento e estrutura em detrimento ao cuidado com as espécies. Em 1811, começou um período próspero, sob a direção de Félix de Avelar Brotero, discípulo de Vandelli, renomado botânico, que fez reviver o jardim, com a construção de estufas e o cultivo de plantas exóticas, vindas, sobretudo, do Brasil e de colônias portuguesas na África.