O primeiro registro oficial do povoado data de 1597, quando da expedição de Martim Correia de Sá. Na época, o vilarejo pertencia à capitania de São Vicente. Em 1667, Parati fica independente de Angra dos Reis, em função de seguidas rebeliões dos moradores, passando a pertencer à capitania do Rio de Janeiro. Seu porto tornar-se-ia de importância central para a exportação do ouro nos primeiros anos da atividade mineradora. Logo, entretanto, o Caminho Velho, que ligava o litoral à região das minas e que se iniciava em Parati e cruzava o vale do Paraíba, foi substituído pelo Caminho Novo, que levava da serra, no interior a Angra dos Reis, e daí, por terra, ao Rio de Janeiro. Em 1720, a vila ficou sob a jurisdição da capitania de São Paulo, mas, em 1726, uma carta régia determina a volta da vila para o domínio da capitania do Rio de Janeiro. Embora o desvio do percurso do ouro tenha esvaziado a região, o declínio de fato se acentuou em meados do século XIX. Naquela época, parte da produção de café que começava a crescer no vale do Paraíba era escoada pelo porto de Parati. Com a chegada da estrada de ferro à Piraí, o produto passou a ser transportado por uma outra rota. A região voltou-se para as lavouras de cana-de-açúcar e para a produção de aguardente.