Abrigavam os acusados de crimes de uma forma geral, inclusive antes do seu julgamento, e normalmente localizavam-se no rés do chão do edifício da câmara local. No Rio de Janeiro, a cadeia pública localizava-se no mesmo edifício do senado da câmara, bem como o cárcere específico dos transgressores já sentenciados pelo Tribunal da Relação. Das cadeias civis e do Calabouço (destinada a escravos) saía a maior parte da mão de obra utilizada nas obras da cidade. As condições nas cadeias públicas variavam, mas os relatos, em geral, descrevem verdadeiras masmorras imundas, muitas vezes abaixo do nível do solo, em que o fornecimento de comida se dava de forma irregular, dependendo da boa vontade da família, da caridade de desconhecidos ou da Igreja.