Os riscos da parte marítima do Caminho Velho levaram à construção de uma nova rota mais rápida e segura para a região das minas. Em carta régia de 1698, foi estabelecida a construção do novo caminho, que ficou a cargo do bandeirante Garcia Rodrigues Pais, filho do notório bandeirante Fernão Dias Paes. Quando totalmente pronto, o Caminho Novo ligou o cais da Praia dos Mineiros (Praça XV) ao Arraial do Tejuco (Diamantina), encontrando-se com o Caminho Velho em Vila Rica (Ouro Preto), passando por algumas povoações e vilas como as atuais cidades de Petrópolis e Barbacena. Apesar da redução do tempo de viagem para apenas um terço do Caminho Velho, o bandeirante havia escolhido um trecho difícil para a travessia da Serra do Mar, o que levou a Coroa portuguesa a encomendar novos desvios para a transposição da serra, que se encontravam novamente nas margens do Rio Paraibuna. A partir da década de 1720, o antigo caminho deixa de ser o caminho oficial da rota do ouro, servindo apenas como via de escoamento de produtos de consumo entre as regiões do Sudeste. O Caminho Novo foi certamente o mais importante para a colônia, tanto pela maior circulação de pessoas quanto pelo maior detalhamento de sua geografia. O caminho ainda teve vital importância na Guerra dos Emboabas, em 1707, pois facilitou o transporte de pessoal e armamento, que fez pender o conflito para o lado dos portugueses. A modificação do caminho marcou o esvaziamento da cidade de Paraty, embora sua decadência de fato só viesse a ocorrer no século seguinte.