Comendador da Ordem de Cristo e da Ordem de Santo Ildefonso, foi nomeado governador da capitania do Rio de Janeiro e responsável pela pacificação da região das minas após a Guerra dos Emboabas. Para uma melhor administração daquela região, que aumentava significativamente a sua densidade demográfica devido à descoberta do ouro, Antonio Albuquerque sugeria à metrópole portuguesa a criação da capitania de São Paulo e das Minas Gerais, em 1709. Aceita sua proposta, foi nomeado primeiro governador. Sob sua administração, foram instituídas as primeiras vilas na região das minas, a partir de 1711: Nossa Senhora do Carmo e Albuquerque (Mariana), Vila Rica (Ouro Preto) e Sabará. Em 1711, comandou pessoalmente as tropas mineiras enviadas para combater a segunda invasão francesa ao Rio de Janeiro.