O capitão-mor Manuel da Silva Serrão concedeu ao capitão Constantino de Sá em 1713 a mercê das terras ao sul da capital do Maranhão, conhecidas como Santo Amaro, para que nelas erigisse uma igreja. A Igreja de Nossa Senhora da Madre de Deus (também conhecida como Casa da Madre de Deus) foi por ele erguida e depois passou para o domínio dos jesuítas, embora não se possa determinar exatamente como ou quando, para se tornar um colégio que, segundo o Padre José Lopes, ensinava teologia, filosofia, retórica, gramática, e uma escola de primeiras letras. Com a expulsão dos jesuítas dos territórios portugueses, em 1759, o colégio foi convertido para a educação da nobreza das capitanias do Maranhão e Piauí e, em 1761, foi incorporado aos bens públicos. Funcionou como colégio de educação dos nobres até o ano de 1771, quando se converteu em enfermaria militar. Em carta régia de 1783, d. Maria determinou que se tornasse um seminário, embora não se possa afirmar se foi cumprida a ordem.