Localizada na baía do Rio de Janeiro, seu primeiro registro cartográfico foi feito pelo cartógrafo português Luiz Teixeira e sua primeira referência documental é uma carta de sesmaria datada de 1565, onde se encontra o direito de posse a Pedro Rodrigues, primeiro proprietário. Segundo o historiador beneditino dom Clemente Maria da Silva-Nigra, em crônica produzida pelo Mosteiro de São Bento, o nome surgiu devido a grande quantidade de cobras encontradas ali. Em 1589, o mosteiro compraria a ilha, passando então a ser conhecida também como Ilha dos Monges. Foram três as fortificações construídas na Ilha das Cobras: Fortaleza de São José; Baluarte de Santo Antônio e a fortaleza do Patriarca de São José. A primeira, datada de 1624, apesar de não possuir muitos recursos em termos de defesa, possuía uma posição geográfica estratégica e privilegiada. Posteriormente, em 1639, com utilização da mão de obra dos índios tutelados no mosteiro, foi construída no que havia restado da Fortaleza São José, a Santa Margarida da Ilha das Cobras, rebatizada com esse nome em homenagem à dona Margarida de Sabóia, que governava Portugal em nome do rei Felipe IV da Espanha, durante a União Ibérica. O Baluarte de Santo Antônio, concluído em 1709, com o objetivo de cruzar fogos com o Forte de Santiago, atual Museu Histórico Nacional, foi a segunda fortaleza da Ilha das Cobras. E por fim, em 1725, após a invasão francesa ao Rio de Janeiro e a preocupação em proteger o ouro que ia a Portugal passando pelo porto do Rio, a terceira e última fortificação da ilha, composta por três fortes: o de Santa Margarida (que voltou a se chamar São José); o do Pau da Bandeira e o de Santo Antônio. A unificação ficou denominada de fortaleza do Patriarca de São José da Ilha das Cobras e, em 1790, as fortalezas, os fortes e baterias continentais salvaguardavam a cidade do Rio de Janeiro. Ainda sobre fortaleza da ilha das Cobras, uma referência também é importante em relação à prisão: no período de 1790 a 1808, as prisões disponíveis na cidade do Rio de Janeiro eram as unidades militares existentes na Baía de Guanabara, onde os militares ficavam presos. Já os civis, eram encaminhados para a Cadeia Pública e a Cadeia da Relação, ambas no edifício do Senado da Câmara e o Calabouço, prisão destinada exclusivamente à punição de escravos fugitivos ou entregues pelos seus senhores para serem castigados.