A comissão militar foi criada pelo Imperador, com a carta régia de 25 de julho de 1824, com a finalidade de julgar e sentenciar os revoltosos confederados. O decreto de criação da comissão era, em si, quase uma exigência de condenação, ordenando que os réus fossem processados de forma sumária e verbal pela comissão. Funcionou sob a presidência do brigadeiro e governador interino da província, Francisco de Lima e Silva, e suas atividades se encerraram em março de 1825, após a sentenciação sumária dos implicados na Confederação do Equador.