O comissário visitador era o dirigente máximo da Ordem Terceira da Penitência de São Francisco no que dizia respeito aos assuntos eclesiásticos. Era designado pelo prelado provincial, funcionando como delegado deste. Os irmãos terceiros deveriam submeter-se à autoridade religiosa do comissário visitador, seu superior imediato no plano espiritual, que os orientaria nos exercícios espirituais condizentes com aquela regra. O comissário na ordem terceira era eleito em definitivo pelo voto provincial e mais religiosos. As tarefas referentes ao comissário contemplavam os sermões, práticas, profissões de irmãos e outros exercícios espirituais. Também tomava parte nas reuniões da mesa. Em relação às eleições, caberia aos religiosos escolherem o comissário de determinada ordem terceira, a partir de uma lista prévia elaborada pelos irmãos. Os estatutos de 1801 da Ordem Terceira da Penitência do Rio de Janeiro reforçavam o poder dos terceiros, em seu artigo 48, que definia que estes tinham o direito de requerer aos religiosos um comissário espiritual da Ordem, mas quando este não fosse a contento, poderiam eleger um irmão clérigo secular, desde que aprovado pelo prelado ou através de bula papal.