Os primeiros franciscanos chegaram ao Rio de Janeiro em 1592. Os freis Antônio dos Mártires e Antônio das Chagas vinham do Espírito Santo e ocuparam a ermida de Santa Luzia, ao pé do morro do Castelo. Mais de uma década depois, um novo grupo de franciscanos chega à cidade e transfere-se para novo terreno localizado no então Monte do Carmo, onde havia uma pequena capela dedicada a Santo Antônio. Entre o grupo estava Frei Vicente do Salvador, autor da primeira História do Brasil. O convento de Santo Antônio, que veio a rebatizar o morro, teve sua construção iniciada em 1608, mas os frades começaram a residir no prédio apenas em fevereiro de 1615. Na época de sua fundação, o convento localizava-se em uma região distante do núcleo de ocupação da cidade, facilitando a catequese dos índios dos atuais bairros de Santa Teresa, Catumbi e Rio Comprido. O mesmo documento que garantiu aos religiosos a posse das terras lhes concedeu o monopólio de culto público e de formação de confrarias em torno dos principais santos da Ordem: São Francisco e Santo Antônio. Passado um século, o edifício de apenas um piso, tornou-se pequeno e insuficiente para o número de religiosos, e em 1748 iniciou-se a construção do atual convento, finalizado apenas em 1780. Em torno do claustro havia sete capelas internas, lá se encomendavam os corpos dos frades mortos que eram enterrados no corredor. Desde 1650, funcionavam no convento cursos de filosofia e teologia para formação intelectual dos religiosos. Em junho de 1776, os cursos superiores ministrados na instituição ganham o status de “universitários”. Além dos frades, leigos e alunos do seminário São José dividiam-se nas aulas de retórica, grego, hebraico, filosofia, história eclesiástica, teologia dogmática, moral e exegética. As aulas eram realizadas na Sala do Capítulo, no primeiro andar. Alguns frades que viveram no convento tiveram destaque em diversas áreas do conhecimento: na história, frei Vicente do Salvador; na botânica, frei Mariano da Conceição Velloso, autor da Flora Fluminense; na pintura, frei Francisco Solano Benjamin. A escola não formava exclusivamente religiosos, recebeu leigos e esteve aberta a estudos experimentais. O convento tornou-se referência pela sua atuação evangelizadora, convertendo-se em base para os franciscanos em sua expansão para o sul. Também desempenhou um papel fundamental na independência do Brasil, já que sediou reuniões políticas em torno da independência, promovidas por frei Sampaio, inclusive com a participação de d. Pedro. Sampaio é autor do discurso do Fico e do esboço da primeira constituição do Império Brasileiro. Foi também nas dependências do convento que Vitor Meirelles pintou o célebre quadro a Batalha do Riachuelo, período em que abriu o teto do aposento para melhorar a iluminação. A portaria do governo imperial de 19 de março de 1855, que proibia a entrada de noviços em todas as ordens religiosas, foi determinante para a decadência do convento. Neste período, o espaço foi ocupado pelo Arquivo Público, que lá permaneceu até o ano de 1872. O Ministério da Justiça também instalou o júri em 1855 e por fim, o Sétimo Batalhão de Intendência ocupou boa parte do edifício, onde permaneceu entre 1885 e 1901. Somente a partir da instauração da República, com a separação entre Igreja e Estado e a chegada de franciscanos alemães, o convento de Santo Antônio voltaria a viver um período próspero.