O Diretório que se deve observar nas povoações dos índios do Pará e Maranhão, aprovado por d. José I em 1755, desempenhou papel central na política metropolitana de controle dos povos indígenas durante o período pombalino. O alvará de 17 de agosto de 1758 estendia o Diretório a todo o Brasil. Dentre as principais disposições, substituía os missionários por diretores leigos, nomeados pelos governadores, cujas obrigações abrangiam o incentivo à agricultura, à mestiçagem por meio de casamentos mistos e à adoção de hábitos e da língua portuguesa, com o fim de promover a “civilidade dos índios”. Os índios seriam, assim, inseridos na “civilização” por meio da agricultura, da comercialização de produtos agrícolas e do pagamento de tributos. Os aldeamentos foram elevados a vilas e os jesuítas, que resistiam à adoção de uma administração secular desses aldeamentos, foram expulsos do país (1759). Apesar de uma perspectiva civilizatória, que pretendia abolir as diferenças entre índios e brancos, as determinações do Diretório nunca impediram a exploração da força de trabalho indígena, a espoliação das terras dos aldeamentos e o processo compulsório de aculturação dos inúmeros povos existentes no Brasil. Em 12 de maio de 1798, o Diretório foi abolido em meio a denúncias de corrupção e abusos cometidos pelas autoridades responsáveis.