Na América portuguesa, desde o século XVI, ainda no início da colonização, a Companhia de Jesus instala seus colégios e seminários visando à educação da elite para a direção da colônia e à arregimentação e formação de membros para seus quadros. Neste século, a ênfase maior da educação era na formação de novos membros da ordem para continuar o trabalho de catequese dos índios e para instruir a ainda pequena população de meninos brancos, filhos de portugueses, principalmente nas primeiras letras. A educação era ministrada nas "casas", escolas de ler, escrever e contar, e filhos de colonos e nativos frequentavam essas primeiras escolas. A maioria dos colégios foi fundada a partir da segunda metade do século XVII até o momento de sua expulsão, no XVIII, e estes se estenderam ao longo de boa parte do território da colônia, do Maranhão a São Paulo, contando mais de quinze colégios, que ofereciam os cursos secundários de humanidades e artes e alguns seminários para a formação de novos padres. Segundo Laerte Ramos de Carvalho (As Reformas Pombalinas da Instrução Pública. São Paulo: Saraiva, 1978), o modelo para o ensino nos colégios jesuítas na colônia era o Colégio de Évora. Além do ensino primário, que compreendia o aprendizado de ler, escrever e contar, os colégios ministravam os cursos secundários de Letras e Humanidades - em que se estudava gramática latina, humanidades e retórica - e de Artes - cujas principais disciplinas eram a lógica, metafísica, matemáticas, ética, ciências físicas e naturais e filosofia -, todas estudadas sob orientação da filosofia aristotélica. Os cursos secundários completos (humanidades e artes) duravam, em média, de oito a nove anos e, ao final, os alunos se formavam em Humanidades e Artes, sendo que este último curso era considerado obrigatório caso o estudante quisesse se candidatar a uma vaga na Universidade de Coimbra. Poderiam ainda seguir para os Seminários e depois de cursar Teologia e Ciências Sagradas (duração de quatro anos). Tornar-se-iam doutores e novos membros da Ordem. As reformas empreendidas pelo influente primeiro ministro do reinado de d. José I, o marquês de Pombal, a partir da metade do século XVIII visavam a introduzir algumas ideias iluministas no Estado português (e em suas colônias) sem, no entanto, provocar mudanças profundas ou significativas na estrutura política e social. A reforma do ensino apresentou-se como uma das formas mais diretas e representativas de promover a ilustração do Estado português. O marquês de Pombal, responsável pelo programa reformista ilustrado em Portugal,  adotou, na década de 1760, medidas que visavam à modernização e à secularização do ensino no país. No âmbito educacional, Pombal empreendeu algumas medidas, cujo objetivo era retirar dos jesuítas a responsabilidade da instrução, colocando-a sobre o controle direto do Estado. Deste modo, ordenou a introdução de um novo sistema de ensino que priorizasse em seu currículo o desenvolvimento da ciência e a valorização do homem. Em relação aos índios aldeados, aprenderiam primeiro a ler, escrever e contar, e depois a língua portuguesa e a doutrina cristã. Para este fim, foram criadas duas escolas públicas em cada aldeia: uma destinada aos meninos, e outra às meninas, para as quais as aulas de contar seriam substituídas pelas de fiar, costurar, etc. As reformas do ensino iniciaram-se, propriamente, no campo legislativo, mas o ministro de d. José I havia se inspirado em uma obra publicada por Luis Antônio Verney em 1746, conhecida como O verdadeiro método de ensinar, em que o autor rejeita o método de ensino dos jesuítas, criticando seu excessivo apego às humanidades, o caráter teórico e livresco do ensino, o excesso de disciplina e a repressão à liberdade de pensamento, propondo um novo método, que privilegiasse o estudo prático das ciências, a experimentação e a crítica. O alvará de 28 de junho de 1759 não somente dá conta da expulsão da Companhia de Jesus de todos os territórios portugueses, pela acusação de submeter o reino a uma "escravidão científica", como proíbe o uso de seu método, seus livros didáticos e seus membros de continuarem a ser professores régios (a não ser que abandonassem a Ordem). Em um texto introdutório à lei, o rei d. José I traçava um quadro em que avaliava a influência dos jesuítas no ensino e concluía que estes haviam causado imenso prejuízo à mocidade portuguesa, com seu método "escuro e fastidioso". Previa, então, a adoção obrigatória de um novo método em todo o reino, pragmático, moderno e ilustrado, e determinava os novos livros a serem usados pelos professores em suas aulas, abolindo o uso de todos os compêndios usados pelos inacianos. A lei dividia o ensino em duas esferas: os Estudos Menores, que compreendiam os antigos primários e secundários, e os Estudos Maiores, que controlavam o ensino superior; dizia respeito, sobretudo, à principal universidade de Portugal, a de Coimbra, e instituía as aulas régias, que substituiriam os colégios jesuítas. Essas aulas seriam ministradas por professores régios, laicos, a serem selecionados por concurso e deveriam comprovar aptidão e conhecimento. Cada aula corresponderia a uma cadeira a ser estudada individualmente, havendo desde cadeiras de ler, escrever e contar, até aulas das novas matérias instituídas pela reforma, como grego, gramática latina, retórica, filosofia, e ciências da natureza. Essas aulas não aconteciam em um mesmo lugar, os alunos reuniam-se normalmente na casa do professor, que instruía ao mesmo tempo alunos de níveis diferentes. O alvará também previa a criação do cargo de Diretor Geral dos Estudos, que seria o encarregado de executar a reforma, contratar os professores, resolver os problemas que surgissem, fiscalizar os mestres (se fariam uso dos novos compêndios e dos novos métodos obrigatórios), e publicar, ainda naquele mesmo ano de 1759, as instruções para a reforma. No entanto, o que se vê são determinações sobre o que fazer, e não um plano estruturado sobre como se pôr em prática tantas mudanças. O que acabou por acontecer foi a desintegração do sistema educacional dos jesuítas, seguido de um momento de ausência de um modelo ou de um plano de execução da reforma, o que resultou em um vazio educacional, que as aulas régias, poucas a princípio, não conseguiram preencher. Somente em 1772, com a reforma da Universidade de Coimbra, um novo plano foi traçado, obedecendo, entretanto, às mesmas orientações anteriores para tentar solucionar o problema que atingiu não somente as colônias, mas também Portugal.