Criada com a chegada do príncipe regente d. João e da corte portuguesa ao Brasil, por carta régia de 18 de fevereiro de 1808 e instalada no Hospital Real Militar da Bahia, antigo prédio do Colégio dos Jesuítas, no Largo do Terreiro de Jesus. O primeiro curso médico e cirúrgico do Brasil, proposto pelo conselheiro José Correa Picanço, cirurgião mór do Reino, tinha duração de quatro anos e oferecia duas cadeiras: cirurgia especulativa e prática, ministrada pelo cirurgião Manoel José Estrela, e anatomia e operações cirúrgicas ministradas pelo cirurgião José Soares de Castro. As aulas teóricas eram realizadas numa das salas do Hospital Militar e as práticas nas enfermarias. De 1808 a 1815, o ensino médico e cirúrgico da Escola abrangia as áreas de anatomia humana (teoria) e fisiologia, patologia e clínica. Concluído o curso, os alunos prestavam os exames para cirurgião podendo então tratar da saúde pública na colônia. A carta régia de 29 de dezembro de 1815, expedida pelo conde dos Arcos, então governador-geral da capitania da Bahia, reformou, pela primeira vez, o ensino médico baiano, tendo por base o “Plano dos Estudos de Cirurgia” (1813) de autoria do médico da Real Câmara de d. João VI, Manuel Luiz Álvares de Carvalho. Com a reforma, a Escola passou a denominar-se Academia Médico-cirúrgica. O curso de cirurgia, com duração de cinco anos, era composto pelas seguintes matérias: 1º ano – Anatomia, Matéria Médica e Química Farmacêutica; 2º ano – Anatomia e Fisiologia; 3º ano – Higiene, Patologia e Terapêutica; 4º ano – Instruções Cirúrgicas e Operações Obstétricas; 5º ano – Medicina Prática e Obstetrícia. Só poderiam matricular-se aqueles alunos que soubessem ler e escrever corretamente nas línguas francesa e inglesa. Após completarem o quinto ano do curso, os alunos aprovados recebiam a Carta de Cirurgia. Aqueles que quisessem frequentar novamente os últimos dois anos, uma vez aprovados nos exames, recebiam uma nova graduação em cirurgia. Os cirurgiões formados estavam aptos a curar todas as enfermidades nos locais onde não existissem médicos diplomados pelas universidades europeias. Em 17 de março de 1816, por determinação de d. João VI, a Academia Médico Cirúrgica da Bahia foi transferida para o Hospital da Santa Casa de Misericórdia.