Formada pelas faculdades de direito civil e direito eclesiástico, até a Reforma da Universidade de Coimbra de 1772, funcionavam praticamente do mesmo modo: no primeiro ano os alunos estudavam as Instituições de Justiniano; depois, estudavam as leis civis (a escola de cânones tinha duas apostilas específicas sobre seu tema a mais) e no último ano realizavam os exames e atos (provas, defesas de tese). A partir da aprovação, o estudante escolhia se preferia ser bacharel em direito canônico ou civil. Depois de formados, os alunos poderiam se tornar advogados ou juízes, ou ainda optar pela carreira catedrática (professores). O ensino era superficial: memorizavam-se as apostilas e as leis, mas não se lhes sabia as origens. Nos atos, havia assuntos que poderiam ser abordados (os “pontos”) e argumentos obrigatórios na defesa, que os alunos memorizavam para poderem ser aprovados. A faculdade de Cânones era considerada mais desorganizada, e consequentemente mais fácil de obter aprovação, do que a de Leis, cujo regime de estudo exigia mais aplicação, fato este que explicava a proporção de quase cinco vezes mais alunos na primeira do que na segunda. Com a reforma da Universidade, mudanças foram introduzidas nas faculdades jurídicas entre elas a própria orientação dos cursos: o período de tempo gasto na faculdade não seria suficiente para aprender tudo o que havia sobre Direito, então, a missão das faculdades deveria ser dar noções e bases para que o estudante as pudesse pôr em prática na sua vida social, quando ele as aperfeiçoaria. Seguindo esta nova orientação, o tempo dos cursos foi reduzido de oito para cinco anos para a formação dos bacharéis (grau necessário para obtenção de cargos e empregos), com cinco horas diárias de estudo (três pela manhã e duas à tarde). Quem desejasse se tornar doutor ou licenciado (para poder dar aulas) deveria cursar mais um ano para aprofundar os estudos. As disciplinas passaram a obedecer a um novo ordenamento, guiado por um método, em que as cadeiras mais gerais viriam antes das mais específicas e algumas passaram a ser requisito para outras, sendo proibida também a antecipação ou prorrogação, bem como a passagem de um curso para outro. A instrução prévia (preparatórios) necessária para o ingresso nas faculdades de Leis e Cânones compreendia o estudo da Língua Latina, Retórica, Lógica, Metafísica, Ética e Grego, entre outras disciplinas filosóficas e de letras humanas. Era obrigatória a certificação dos mestres de que os estudantes haviam comparecido às aulas, cumprido todo o tempo de estudo e passado no curso, e a apresentação de cartas de recomendação (secretas) a serem enviadas pelos mestres para a Universidade, informando sobre o talento, a dedicação e o aproveitamento do candidato. Tanto legistas como canonistas tinham assuntos comuns a serem estudados, tais como Jurisprudência Civil e Canônica, Direito Natural, Civil, Romano, História das Leis, Doutrina do Método do estudo jurídico, entre outros, mas somente cursavam uma cadeira em comum: Direito Natural Público e Universal e das Gentes. Os legistas teriam, em seguida, mais oito disciplinas (entre elas História Civil dos Povos e do Direito Romano e Português, Direito Pátrio, Direito Civil Romano) e os canonistas sete cadeiras (como História da Igreja Universal e Portuguesa e do Direito Canônico, Direito Canônico, Instituições). Embora as faculdades compartilhassem boa parte dos conhecimentos, depois da reforma elas foram formalmente separadas, com cadeiras próprias, regulamentos diferentes e cursos separados e distintos. Também os exames ao longo do curso foram mais dificultados e os atos finais tornados públicos, para reconhecimento perante a sociedade.