Nascido em Salvador, Bahia, em 27 de abril de 1756, doutorou-se no ano de 1779, em Filosofia Natural, pela Universidade de Coimbra reformada por Pombal. Sendo um dos primeiros naturalistas formados em Portugal, tomou parte no projeto das viagens e expedições filosóficas, idealizadas pelo naturalista italiano Domenico Vandelli. Comandou a expedição às capitanias do Grão-Pará, Rio Negro, Mato Grosso e Cuiabá. Durante quase dez anos, de 1783 a 1792, a equipe composta ainda por um jardineiro botânico e dois riscadores, recolheu espécies da flora e da fauna brasileiras, classificou-as, acondicionou-as e enviou remessas a Portugal, consoante com os objetivos do Estado português setecentista de empreender um inventário da natureza de seus domínios. Igualmente, informou sobre as condições administrativas, econômicas, urbanas e demográficas dos povoados que percorreu. A expedição produziu farto material textual, ainda na fase de planejamento as Instruções relativas a Viagem Philosophica, que orientava a equipe sobre a realização das tarefas concernentes à viagem. Ferreira escreveu, ainda, memórias zoológicas, botânicas, mineralógicas e histórico-geográficas, diários, relatórios e trocou farta correspondência com as autoridades locais e metropolitanas. Cabia ao naturalista, também, a inspeção dos desenhos a cargo dos riscadores Joaquim José Codina e José Joaquim Freire. Ao retornar a Lisboa, em 1793, o naturalista foi nomeado vice-diretor do Real Gabinete de História Natural e do Jardim Botânico da Ajuda e não deu continuidade aos estudos e sistematização do material recolhido, como pretendia Vandelli, para produção de uma História Natural das Colônias. Durante a ocupação francesa em Lisboa, em 1808, parte do material recolhido pela expedição foi saqueado e levado à França, sendo recuperado anos mais tarde. Alexandre Ferreira faleceu em Lisboa, sem ver sua obra publicada. Somente a partir de meados do século XIX, seus diários de viagem e algumas de suas memórias seriam publicados.