A expressão refere-se às doenças que atingiam as colônias portuguesas no ultramar como a difteria, a varíola, a febre amarela, o cólera e diversos problemas gástricos e dermatológicos devido às péssimas condições de saneamento dos núcleos urbanos. A natureza infectocontagiosa de grande parte dessas moléstias levou a surtos epidêmicos de difícil controle, principalmente nas regiões de clima tropical, onde a insalubridade do clima aliada a péssimas condições sanitárias foi determinante para o desenvolvimento desses males. Nesse cenário, as populações indígenas, sem qualquer imunidade para os vírus e bactérias originários de outros continentes, em especial da Europa, foram dizimadas. Enfermidades como gripe, tuberculose, sarampo, bexiga, caxumba, entre outras, uma vez atingindo essas populações, provocavam um processo de desorganização da vida tribal, levando a um estado de penúria fome e extermínio. O primeiro grande surto epidêmico de varíola registrado no Brasil data de 1562 e 1563, na Bahia. A “peste” espalhou-se desde Ilhéus até o norte, na direção de Pernambuco, matando milhares de índios Tupinambá e dizimando aldeias inteiras. Em carta a Gonçalo Vaz de Melo, em 12 de maio de 1563, o padre jesuíta Leonardo Vale narra que a epidemia era ainda mais violenta entre as tribos que viviam livremente no sertão (Thomas, Georg. Política indigenista dos portugueses no Brasil 1500-1640. SP: Ed. Loyola, 1982). A partir de meados de 1690, começam também a se multiplicar queixas sobre a morte de trabalhadores escravos e livres em função de uma terrível epidemia de bexigas pelo Estado do Maranhão e Grão-Pará.