Desde o início de 1824, durante a Confederação do Equador, Manuel de Carvalho Paes de Andrade demonstrou preocupação com uma reorganização militar da região nordestina. Em janeiro, um decreto por ele emitido determinava a reestruturação das companhias de guerrilhas e que o capitão comandante de cada companhia seria nomeado pelo próprio presidente de província. Outros postos dentro de cada companhia, embora indicados pelo capitão, deveriam ser confirmados pelas autoridades civis. Embora seus membros se originassem também de outras forças armadas, as guerrilhas não se integravam ou subordinavam a nenhum outro corpo militar. Seu objetivo era manter a ordem pública geral, manter a segurança local, vigiar estradas, controlar o fluxo de pessoas. Poderiam, contudo, em caso de necessidade, atuar como uma força militar convencional, caso em que se subordinavam ao Governador das Armas. O governo de Pernambuco também convocou corpos de milícias e determinou um recrutamento geral de indivíduos capazes em algum ofício, mesmo artesãos presos, para se engajarem em obras e tarefas especializadas.