Autoridade máxima da Inquisição, organização de origem medieval criada no século XIII para julgar e combater movimentos heréticos e contestatórios da Igreja e do papado, administrada pelos frades dominicanos. Como instituição permanente, o Tribunal da Inquisição somente foi implementado pelo papa Paulo III em 1542, com vistas a conter o avanço da Reforma protestante promovida por Lutero desde o início do século XVI. A inquisição ibérica, nascida na Espanha no século XV, embora inspirada na instituição medieval, tinha características próprias: o alvo privilegiado do Tribunal do Santo Ofício, criado durante a unificação dos reinos e formação do Estado, eram os judeus forçados à conversão ao catolicismo desde a segunda metade do século anterior (chamados pejorativamente de marranos) para fugir às perseguições. Principalmente depois de 1492 quando os reis católicos decretaram a expulsão de todos os judeus da Espanha, exceto os que se convertessem, houve uma imigração em massa para Portugal, ainda no reinado de d. Manuel. O clima de intolerância passou então a assolar o território português quando esse também decretou a conversão obrigatória de todos os judeus do reino, ou seriam expulsos (1496-1497). Foi no reinado de d. João III (1521-1557) que o Tribunal do Santo Ofício foi instalado em Portugal e a inquisição portuguesa teria como alvo também os convertidos, os cristãos-novos, suspeitos de manter suas práticas judaicas em segredo. Em 1540 havia três tribunais em Portugal, em Lisboa, Évora e Coimbra, e um no restante do império, fundado em 1560 em Goa, capital do Estado das Índias, que tinha jurisdição no Oriente e na África. O Brasil permaneceu ligado ao Tribunal de Lisboa, até o fim oficial da inquisição, somente em 1821. Cogitou-se instalar um Tribunal no Brasil entre 1621 e 1622, durante a União Ibérica, no reinado filipino, mas não chegou a acontecer. Aqui a função inquisitorial cabia aos bispos, depois da criação do Bispado da Bahia em 1551. Esses eram responsáveis pelas atividades inquisitoriais na colônia, embora com poderes limitados e sujeitos à jurisdição de um visitador enviado pelo Tribunal de Lisboa. Podiam receber denúncias, abrir devassas, prender suspeitos e receber presos encaminhados por vigários, agentes indiretos do Santo Ofício, mas não chegavam a pertencer aos quadros do tribunal. Como durante o século XVI a Inquisição foi praticamente nula no Brasil, houve a vinda de muitos judeus e cristãos-novos para cá, fugindo da perseguição no reino. Com a anexação de Portugal pela Espanha durante a União Ibérica (1580-1640), o Santo Ofício passou a olhar mais amiúde para o Brasil, tendo enviado visitadores da inquisição para investigar possíveis crimes na colônia, o primeiro, Heitor Furtado de Mendonça, esteve no Brasil entre 1591 e 1595. A essas alturas, os crimes de heresia tinham um significado mais amplo do que antes, não somente cristãos-novos e judeus foram vigiados e deportados para Portugal, mas comportamentos morais e sexuais tidos como inadequados, como práticas de sodomia, bigamia, adesão ao protestantismo, por exemplo, passaram a ser alvos do Tribunal. Apesar de nunca terem estabelecido um tribunal no Brasil, houve a instalação de todo um aparato do Santo Ofício, como comissários e auxiliares em várias capitanias. Entretanto, a presença e ação da Inquisição no Brasil, se comparada a América espanhola, foi bastante tímida, nunca tendo acontecido por aqui um auto de fé, com exposição de réus em praça pública e execução por fogueira, ou mesmo os cárceres secretos, com julgamentos e sessões de torturas.