Criada em 1770, na Bahia, pelo primeiro ministro Sebastião José de Carvalho e Melo, o marquês de Pombal, era o órgão responsável pela direção dos Arsenais de Marinha e dos Armazéns Reais. O intendente seria o encarregado da gestão e provimento dos materiais e munição de guerra, e também do abastecimento de provisões e fardamento para os praças a serviço do Arsenal, que trabalhassem nos portos, cais e navios. Também  cabia ao intendente a fiscalização e a execução de trabalhos navais, as construções e obras no arsenal, construção de navios, e da visitação dos bosques da Marinha para vistoria dos cortes de madeira. O posto incluía, ainda, a responsabilidade pelas matrículas dos civis e militares empregados a serviço da Marinha e pelos pagamentos. Depois da transferência da Corte para o Brasil e com a criação do cargo de Inspetor do Arsenal da Marinha, o intendente teve suas funções restritas à administração de pessoal e das finanças da Armada. Era uma das maiores autoridades da Marinha, respondendo apenas ao ministro e ao almirante general.