Cargo criado pelo príncipe regente pela carta régia de 18 de maio de 1801, para José Bonifácio de Andrada e Silva. A sugestão para criação da Intendência partiu de d. Rodrigo de Souza Coutinho, que, atento às transformações provocadas pela Revolução Industrial na Grã-Bretanha, percebeu a necessidade da exploração de novas matérias e minerais para a indústria, como o ferro e o carvão, para exportação, mas também evidenciou sua preocupação com o esgotamento das minas no Brasil, em decorrência de uma exploração descontrolada. A indicação de José Bonifácio para o cargo se explica por sua longa experiência como mineralogista e metalurgista, formado pela Universidade de Coimbra, e que teve a oportunidade de ampliar seus conhecimentos em uma longa viagem científica pela Europa na última década do século XVIII. A Intendência seria o órgão responsável por uma exploração mais moderna e racional dos recursos, baseada em pressupostos científicos e pragmáticos, e seria o fiscalizador das companhias de exploração, através dos tribunais a ela subordinados. A atuação da Intendência abrangia as áreas de mineração e agricultura portuguesas e ultramarinas, e os trabalhos resultaram na produção de diversas memórias científicas no campo da mineralogia, apresentadas na Academia Real das Ciências de Lisboa.