Trata-se da entidade reguladora de todas as atividades missionárias religiosas no Império português. Em 1655, foi criada em Lisboa, uma junta específica para as missões instaladas em possessões ultramarinas, a fim de garantir a autoridade da administração central. Organismo consultivo, trabalhava em consonância com o Conselho Ultramarino. No final século XVII, foram criadas as primeiras juntas das missões em territórios coloniais: Cabo Verde, Angola, Pernambuco, Rio de Janeiro e Maranhão, todas subordinadas à Junta Real das Missões do Reino. Posteriormente, novas juntas seriam instituídas. As juntas ultramarinas no Brasil eram compostas por governadores ou vice-reis, bispos (na falta deles o vigário-geral), ouvidores gerais e provedores da fazenda. Tinham como função primordial propagar a fé católica, promovendo os meios mais adequados para essa incumbência, bem como proceder a reparação de irregularidades e equívocos, zelando para que os religiosos das missões fossem os mais capazes de exercer seus desígnios – para tal, a junta deveria analisar todos os clérigos encaminhados às missões no ultramar. Outras atribuições consistiam em dar parecer sobre os descimentos de índios para as missões e sobre propostas de guerra justa contra os índios; examinar a legitimidade dos cativos indígenas; repartir o território entre as missões, bem como qualquer apoio material proveniente do Reino e cuidar para que os missionários se empenhassem na catequese dos índios, aumentando o número de cristãos em seus distritos.