Situada às margens do rio Guadiana, é um dos 14 municípios do distrito de Beja, região do Algarve. Ocupada desde o Neolítico, a arqueologia da região demonstra a presença de romanos, que chamavam a cidade de Mirtilis Julia. Ao declínio do Império Romano seguiu-se a invasão dos visigodos que permaneceram na Península Ibérica pelo menos entre os séculos V e VIII. Em 711 os povos islâmicos do norte da África tomaram conta de parte da Península, incluindo a cidade, que passou a se chamar Martulá, quando se tornou um importante porto fluvial, sendo o porto mais ocidental do Mediterrâneo, o que garantiu o florescimento e crescimento da cidade e região. A cidade chegou mesmo a ser a capital de um pequeno emirado islâmico, a Taifa de Mértola. Foi reconquistada aos árabes pela Coroa portuguesa em 1238, por ação de d. Sancho II (1209-1248), que a doou à Ordem de Santiago no ano seguinte.