Filho do dr. João Duarte da Fonseca, lente de medicina da Universidade de Coimbra, ingressou na mesma instituição e graduou-se em leis e opositor às cadeiras da faculdade de leis. Foi cavaleiro professo da Ordem de Cristo, catedrático da Faculdade de Leis (1788) e vice-reitor da Universidade de Coimbra, substituiu por vezes o bispo reformador-reitor Francisco de Lemos de Faria Coutinho em seu segundo período a frente da Universidade (1799-1821), durante as invasões napoleônicas. Em 1818, foi nomeado desembargador da Mesa do Desembargo do Paço. Foi ainda cônego doutoral nas Sés de Braga e Coimbra.