Nasceu no bispado de Lamego em Portugal, segundo filho de Bernardo José Pinto de Miranda Montenegro, fidalgo escudeiro da Casa Real e de d. Antônia Matilde Leite Pereira de Bulhões. Comendador da Ordem de Cristo, Montenegro seguiu a carreira das letras, frequentando a Universidade de Coimbra a partir de 1777, onde obteve o grau de bacharel em 1781. Concluiu a licenciatura em 1783, ano em que também recebeu o grau de doutor em Direito. Contemporâneo dos irmãos Andrada, José Bonifácio e Antônio Carlos, foi apresentado ao ministro Martinho de Melo e Castro por d. Catarina Balsemão – mulher de Luiz Pinto de Sousa Coutinho, futuro ministro e secretário de Estado dos Negócios Estrangeiros e da Guerra –, senhora de grande influência na corte, que solicitou para seu afilhado, o despacho de governador do Mato Grosso. O ministro Melo e Castro, no entanto, o nomeou em 1791 para o cargo de intendente do ouro no Rio de Janeiro, permanecendo na função até 1794, quando conseguiu a patente de governador e capitão general da capitania de Mato Grosso. Permaneceu governador do Mato Grosso até 1803, e tornou-se, posteriormente, governador da capitania de Pernambuco, no período entre 1804 a 1817, inclusive durante a Revolução pernambucana. Chegou a ser nomeado governador e capitão general de Angola, mas por meio de manifestações de diversos municípios, da Câmara do Senado do Recife e de pessoas notáveis junto ao príncipe regente, foi mantido no cargo. Participou ativamente da v ida política do Império, e recebeu do Imperador d. Pedro I os títulos de barão, visconde e marquês de Vila Real da Praia Grande.